La collezione erpetologica è la più vasta fra quelle dei vertebrati annoverando nella complessità oltre 37.000 esemplari.
La raccolta storica comprende 12.000 esemplari conservati in alcol e in minima parte a secco per esposizione e 300 preparati osteologici e anatomici provenienti da tutto il mondo, e venne portata nella seconda metà dell'Ottocento a dimensioni pregevolissime, soprattutto grazie all'attività di Mario Giacinto Peracca (1861-1923).
La collezione di recente acquisizione comprende circa 25.000 esemplari, con una notevole rappresentanza dell'erpetofauna italiana, malgascia e sudamericana.
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